PCR-RFLP in silico del gen 18S rRNA como alternativa para la identificación de nematodos entomopatógenos

Abstract

En países en vías de desarrollo, el acceso a tecnologías modernas para el control de plagas es restringido, lo que plantea la necesidad de innovar en métodos y/o técnicas alternativas que sean más accesibles. El objetivo del estudio fue determinar la PCR-RFLP in silico del gen 18S ARNr como técnica alternativa en la identificación de nemátodos entomopatógenos. Se evaluaron dos cepas purificadas de larvas adultas de nematodos entomopatógenos, a partir de las cuales se extrajo el ADN genómico. Posteriormente, se llevó a cabo la amplificación del gen 18S del ARNr mediante PCR convencional y una secuenciación de ADN por la tecnología de Sanger en doble cadena. Las secuencias obtenidas fueron alineadas con el software MEGA v.11 y se generaron secuencias consenso de aproximadamente 850 pares de bases. Luego, se utilizaron herramientas como BLAST para la asignación taxonómica de especies y Restriction Mapper v.3 para el análisis de sitios de restricción y simulación de digestión enzimática. Las cepas analizadas se identificaron como Heterorhabditis indica y Heterorhabditis bacteriophora. En Heterorhabditis indica se hallaron 26 sitios de restricción, seleccionando cuatro sitios según su posición media (MslI, NruI, Tsp45I y BseRI), que luego de digerirlos in silico, generaron fragmentos de ADN con longitudes distintas. Por otra parte, en Heterorhabditis bacteriophora, se halló el mismo número de sitios de restricción, se seleccionaron tres (BglII, FokI y BstXI) y al digerirlos se obtuvieron fragmentos de ADN con diferentes longitudes. Los fragmentos de ADN (RFLP) obtenidos permitieron diferenciar claramente ambas especies. Los resultados demuestran que la técnica PCR-RFLP In silico del gen 18S ARNr es una herramienta efectiva para la identificación taxonómica de nematodos entomopatógenos, ofreciendo una alternativa viable en contextos donde los recursos son limitados y el control biológico es una alternativa.