Examinando por Materia "Secuenciamiento de alto rendimiento"

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Microbiota endosimbionte de hembras adultas de meloidogyne javanica infectado por pasteuria penetrans
(Universidad Autónoma de Yucatán, 2022-09-02) Lindo Seminario, David Enrique; Mendez Farroñan, Sandra; Canta Ventura, Jorge Marino; Córdova Campos, José; Condemarín Montealegre, Carlos; Gutiérrez Calle, Savina Alejandra; Morales Pizarro, Arturo; Mialhe Matonnier, Eric
Antecedentes: Pasteuria penetrans es una bacteria no cultivable que parasita obligadamente a varias especies de nemátodos fitopatógenos. Factores endógenos reproductivos femeninos, vegetales o microbianos desconocidos son indispensables para la multiplicación y formación de endosporas de P. penetrans. Objetivo: Caracterizar las endosporas de P. penetrans mediante la secuenciación del gen 16S ARNr en muestras de hembras adultas de Meloidogyne javanica infectadas y microbiota de hembras adultas de M. javanica infectadas y no infectadas con P. penetrans mediante secuenciamiento de alto rendimiento de la región hipervariable V4 del gen 16S ARNr. Metodología: Se colectaron las raíces infectadas de viñedos, se extrajo nemátodos juveniles (J2) infectivos frescos para fijación de endosporas de P. penetrans y su inoculación en plantas de tomate. El ADN genómico y metagenómico de hembras adultas de M. javanica infectadas y no infectadas se extrajo para su secuenciamiento a partir de la región V4 del gen 16S ARNr de P. penetrans y su microbioma bacteriano. Las secuencias generadas fueron procesadas mediante software bioinformáticos para los análisis de índices de alfa y beta diversidad del microbioma bacteriano. Resultados: Se obtuvo un amplicón de 550 pares de bases con 98% identidad y homología a P. penetrans. El perfil taxonómico reveló la mayor diversidad y riqueza bacteriana en la microbiota relacionada a hembras adultas infectadas, siendo Proteobacteria la que se presentó en ambas muestras entre 45 al 83%, seguido de Firmicutes, Actinobacteria y Bacteroidetes con 19, 11 y 8% respectivamente a nivel de filo. Asimismo, se identificó géneros más abundantes asociados a la microbiota nativa del nemátodo adulto tales como Pseudomonas, Flavobacterium y Chitinophaga al 82,5, 15 y 2% respectivamente. En las hembras infectadas se registró a Paenibacillus, Pasteuria, Pseudomonas y Streptomyces con el 45, 7, 6 y 5% respectivamente, los más abundantes. Implicaciones: Los resultados sugieren la existencia géneros bacterianos en hembras de M. javanica infectadas involucrados en el desarrollo in vivo de endosporas de P. penetrans. Conclusiones: Esto revelaría una reducción del dominio de Pseudomonas favoreciendo la colonización de diferentes bacterias que cohabitan con P. penetrans, siendo este cambio en la composición microbiana un posible factor que favorece la multiplicación de endosporas de P. penetrans dentro del hospedero.