Examinando por Materia "SSR"

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Diversidad genética de papas nativas (Solanum spp.) conservadas en cultivares nativos del Perú
(Universidad Nacional Mayor de San Marcos, 2014-03-14) Soto, Julián; Medina Hinostroza, Tulio Cecilio; Aquino Villasante, Yeny Natali; Estrada Jiménez, Rolando
El presente trabajo analiza el grado de diversidad genética utilizando 18 marcadores microsatélites, de una muestra aleatoria de 79 variedades nominales de papa nativa (Solanum spp.) procedentes de cinco regiones políticas del Perú (Ayacucho, Cajamarca, Cusco, Huancavelica y Puno), cultivadas en “chacras” de agricultores que colaboraron con el proyecto “Conservación in situ de los cultivos nativos y sus parientes silvestres”. De los 18 marcadores, 17 amplificaron un solo locus polimórfico, siendo el promedio de alelos por locus de 8.79. Se obtuvo una similitud media de 0.62 y rangos de agrupamiento que varíaron desde 0.41 a 0.98. Para los 19 loci registrados se obtuvo un total de 166 alelos. La región de Cuzco presentó el mayor número de alelos (130 alelos). De los 166 alelos caracterizados, 72 alelos (43.37%) fueron comunes o compartidos con las 5 regiones de colecta. La región de Puno presento el mayor numero de alelos exclusivos (8 alelos). Las 42 variedades nominales de S. tuberosum subsp. andigena tuvieron una diversidad promedio de 0.74 y las 18 variedades nominales de S. x chaucha una diversidad promedio de 0.70. Los valores de polimorfismo (PIC = 0.55 – 0.85) y los índices de diversidad genética obtenidos indicarían que los microsatélites evaluados logran identificar altos niveles de diversidad genética, pero a la vez no son suficientes para discriminar grupos diferenciados por procedencia o especies. Nuestros análisis indican que existe un alto grado de diversidad genética y corroboran los resultados obtenidos de los inventarios y caracterizaciones morfológicas realizadas in situ; también podemos concluir que existiría un pool de genes común que se encontrarían ampliamente distribuidos entre las regiones estudiadas.
Microsatellite-based genetic diversity and population structure of Huacaya alpacas (Vicugna pacos) in Southern Peru
(MDPI, 2023-05-05) Figueroa Venegas, Deyanira Antonella; Corredor Arizapana, Flor Anita; Mamani Cato, Ruben; Gallegos Acero, Roberto; Condori Rojas, Nicoll; Estrada Cañari, Richard; Heredia Vilchez, Lizeth Amparo; Salazar Coronal, Wilian; Quilcate Pairazamán, Carlos Enrique; Arbizu Berrocal, Carlos Irvin
The alpaca population mostly consists of the Huacaya phenotype and is widely distributed in Southern Peru. This study aimed to estimate the genetic diversity and population structure of two Huacaya alpaca populations (Ajoyani and Quimsachata) using fourteen and twelve microsatellite markers for each population, respectively. A total of 168 alpaca biological samples were outsourced to Peruvian laboratories for DNA extraction and genotyping. For genetic diversity, observed heterozygosity (Ho), expected heterozygosity (He), polymorphism information content (PIC), and fixation indices values were estimated. An admixture analysis was performed for the population structure analysis. Different programs were used for these estimations. In total, 133 (Ajoyani) and 129 (Quimsachata) alleles were found, with a range of 4 to 17 by locus. The mean HO, HE, and PIC per marker for Ajoyani were 0.764 ± 0.112, 0.771 ± 0.1, and 0.736; for Quimsachata, they were 0.783 ± 0.087, 0.773 ± 0.095, and 0.738, respectively. The population structure showed no structure with K = 2. This study provides useful indicators for the creation of appropriate alpaca conservation programs.
Transferibilidad de marcadores microsatélites de Anas platyrhynchos al pato criollo peruano Cairina moschata domestica
(Universidad Nacional Mayor de San Marcos, 2020-05-25) Acuña Rodríguez, Wendy; Yalta Macedo, Claudia Esther; Veli Rivera, Eudosio A.
El pato criollo peruano (Cairina moschata domestica) es una de las especies de mayor importancia económica en la alimentación humana. Las especies de patos forman grupos genéticos complejos y difíciles de reconocer, por lo que el uso marcadores microsatélites (SSR) identificados en una especie relacionada como Anas platyrhynchos, representa una opción atractiva, de menor costo y útil para resolver temas relacionados con la conservación de la diversidad genómica, flujo génico e hibridación entre poblaciones. El objetivo de la investigación fue evaluar la transferibilidad de 24 SSR identificados para A. platyrhynchos a las poblaciones peruanas de C. moschata doméstica y determinar el grado de polimorfismo (PIC) de los marcadores transferibles. Para ello, se obtuvo ADN a partir de plumas alares usando el método cloroformo-alcohol isoamílico. Los SSR se construyeron con una secuencia adicional de 19 pb (cola M13) y se utilizaron fluoróforos 6-FAM, VIC, NED y PET para su etiquetado. Los fragmentos amplificados fueron visualizados en geles de agarosa 2% y separados por electroforesis capilar en un secuenciador automático ABI 3130XL. Los resultados mostraron 7 SSRs con un valor PIC alto (PIC>0.5) y que el marcador CMO211 se expresaba con un tamaño molecular menor del de la referencia. En conclusión, el presente trabajo demostró que el 75% de los SSR diseñados para A. platyrhynchos son transferibles a C. moschata domestica; y que sólo 7 fueron altamente informativos. Demostrando así que los SSRs son útiles en la detección de polimorfismos en especies relacionadas y pueden ser usados para mejorar las poblaciones peruanas de patos criollos.