Caracterización molecular y filogenética del gen 18S ARNr del nemátodo entomopatógeno Heterorhabditis indica aislado en el norte de Perú

Abstract

La caracterización molecular y filogenética de especies de nematodos entomopatógenos (NEPs) permiten la diferenciación de genotipos circulantes así como el mapeo de su distribución geográfica. Además, de los genotipos más agresivos en la infección de insectos. El objetivo de este estudio fue realizar la caracterización molecular y filogenética del gen 18S del ARNr del nemátodo entomopatógeno Heterorhabditis indica aislado en el norte de Perú. Se analizaron 851 bases nitrogenadas de una secuencia consenso del gen 18S del ARNr de una cepa de H. indica, aislada de bosques de algarrobo ubicados en el norte del Perú, la cual ha demostrado actividad entomopatógena contra Galleria mellonella (polilla de la cera). La secuencia consenso fue sometida a un análisis de similitud mediante la herramienta BLAST del GenBank del NCBI, empleando como criterios de búsqueda un 90% de identidad y cobertura. Las secuencias con dichos criterios fueron sometidas a un alineamiento múltiple con la secuencia consenso utilizando el software MEGA v.11. Posteriormente, el alineamiento múltiple se insertó en el software DnaSP v.5 para su caracterización a nivel de variabilidad monomórfica y polimórfica, y así identificar y diferenciar haplotipos. En el alineamiento múltiple, se eliminaron 74 bases no alineadas en sus extremos, de las que quedaron 777 en las que se identificaron y excluyeron 10 huecos (gaps), obteniéndose una matriz final de 767 bases para la caracterización molecular y filogenética. En el análisis de similitud se identificaron 6 secuencias con identidad de 84,89% a 85,11% y coberturas de 92% a 99%. En la caracterización, se encontró 658 sitios conservados (monomórficos) y 109 mostraron variabilidad (polimórficos), lo cual representa posibles eventos mutacionales. Asimismo, se identificaron seis haplotipos distintos (Hap-1 a Hap-6), con un índice de diversidad haplotípica (Hd) de 0,9524, evidenciando que la secuencia consenso evaluada presentó un solo haplotipo (Hap-2) por lo que se le asignó un código de diferenciación genotípica (C05HI). En la filogenética, la secuencia se emparentó con una secuencia registrada en el GenBank (OK493747.1), formando un grupo monofilético. Se sugiere la ampliación de estudios de H. indica C05HI el cual puede ser encontrado en suelos de bosques de algarrobo en el norte de Perú. Así mismo, se recomienda que organismos estatales implementen en sus programas de capacitación, asistencia y/o control de plagas de la especie de nematodo analizada.