Examinando por Autor "Yalta Macedo, Claudia Esther"

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Análisis genético poblacional de alpcas Huacaya (Vicugna pacos) de la región Puno utilizando SSR
(Instituto Nacional de Innovación Agraria - INIA, 2012) Yalta Macedo, Claudia Esther; Vivanco, H.; Veli Rivera, Eudosio A.
Las alpacas en el Perú se ubican en las zonas alto andinas a más de 4000 msnm y son la principal fuente de ingresos de las comunidades. Debido a esto, la Sociedad Peruana de Criadores de Alpacas Registrada (SPAR) de Macusani con el objetivo de mejorar la productividad en la región, seleccionaron reproductores basados en rasgos fenotípicos, formando dos núcleos de reproducción: Munay Paqocha y Fundo Itita; sin embargo, no existe información de la variabilidad genética de sus rebaños, además de no contar con registro genealógicos confiables; información necesaria para adecuadas estrategias de mejoramiento y de conservación. Por otro lado, los microsatélites (SSR) son una herramienta molecular altamente informativas y útil en estos casos (Aranguren-Mendéz et.al., 2001). El objetivo de la presente investigación, es evaluar la variabilidad genética y obtener el perfil genéticos de cada uno de los reproductores formadores de los núcleos como herramienta de apoyo al mejoramiento.
Análisis preliminar: Caracterización molecular de las llamas (Lama glama) del banco de germoplasma Quimsachata ILLPA - INIA (Puno) usando marcadores SSR
(Instituto Nacional de Innovación Agraria - INIA, 2012) Paredes, F.; Gutiérrez, Gustavo A.; Veli Rivera, Eudosio A.; Yalta Macedo, Claudia Esther
En los últimos años, en la industria textil nacional e internacional se ha generado un aumento por la demanda de fibra blanca de alpaca a causa de su fácil proceso de tinción, esto ha conllevado a una mayor saca de las llamas para incrementar la población de alpacas blancas. Debido a este problema, en 1987 con el apoyo técnico, financiero del Proyecto Alpacas (PAL), Convenio de Cooperación Técnica del Gobierno Suizo COTESU INIA, se estableció en la Estación Experimental Illpa Puno, Anexo Quimsachata, un Banco de Germoplasma de Alpacas y Llamas orientado a la recuperación de alpacas de color y llamas Chaku y Q'ara, y a contribuir al incremento de los niveles de producción y productividad de su crianza y conservación de su biodiversidad genética. Sin embargo, no se han desarrollado aún trabajos de caracterización en estos rebaños, datos que son básicos para establecer un programa de mejoramiento genético y garantizar la preservación de sus recursos genéticos. El presente trabajo analiza la diversidad genética de las dos razas de llamas, Lama glama, Ch'aku y Q'ara del banco de germoplasma de Quimsachata, mediante la aplicación y análisis de 13 loci microsatélites (SSR) específicos de camélidos sudamericanos, reportados internacionalmente.
Characterization of the complete mitochondrial genome of the black Alpaca breed of Vicugna pacos (Mammalia, Artiodactyla, Camelidae) from Puno, Peru
(Taylor & Francis Group, 2020-03-09) Bustamante, Danilo E.; Yalta Macedo, Claudia Esther; Cruz Luis, Juancarlos Alejandro; Maicelo Quintana, Jorge Luis; Guerrero Abad, Juan Carlos; Gutiérrez Reynoso, Dina Lida
The domestic South American camelid Vicugna pacos L. is distributed along Peru, Chile, Bolivia, and Argentina. Here, we contribute to the bioinformatics and evolutionary systematics of the Camelidae by performing high-throughput sequencing analysis on the black Huacaya breed of V. pacos from Puno, Peru. The black Huacaya breed mitogenome is 16,664 base pairs (bp) in length and contains 37 genes (GenBank accession MT044302). The mitogenome shares a high-level of gene synteny to other Camelidae (Camelops, Camelus, Lama, and Vicugna). The mitogenome of the black Huacaya breed of V. pacos situates it in a clade with V. vicugna Molina, sister to Lama. We anticipate that further mitogenome sequencing of different breeds from Vicugna pacos will improve our understanding of the evolutionary history of this taxon.
Diversidad genética en ovinos (Ovis aries) Asblack de Lima, Perú, utilizando marcadores microsatélites
(Facultad de Medicina Veterinaria, Universidad Nacional Mayor de San Marcos, 2020-02-04) Morón, J. A.; Yalta Macedo, Claudia Esther; Guiérrez, Gustavo; Veli Rivera, Eudosio A.
El ovino Asblack es el resultado del cruce de los ovinos Assaf y Blackbelly con fines de formar una raza sintética. El objetivo del estudio fue analizar la diversidad genética de los ovinos Asblack y su relación con los ovinos Assaf y Blackbelly. Se colectaron muestras de sangre a 103 ovinos no emparentados de la región Lima, Perú. Los ovinos fueron genotipados para 17 marcadores microsatélites. Se halló una alta diversidad en las poblaciones, identificándose un total de 146 alelos, donde la población de ovinos Asblack tuvo el mayor número de alelos. La heterocigosidad esperada fue mayor a la observada en los ovinos Asblack con respecto al ovino Assaf y Blackbelly, lo que indica una tendencia al déficit de heterocigotos en el cruce. Además, se observó nueve locus que no están en equilibrio de Hardy-Weinberg, bajo la hipótesis nula de unión aleatoria de gametos en el cruce Asblack. La variación molecular entre las poblaciones fue 11.4% y la variación entre individuos dentro de las poblaciones fue de 6.8%; sin embargo, al analizar la estructura poblacional, el flujo genético fue de 0.03, lo que indica una diferenciación genética. Los valores de FIS (0.077) reflejaron bajo niveles de endogamia y el FST (0,115) indicó una moderada diferenciación genética entre las poblaciones. Las poblaciones se separaron en tres grupos (K=3), resultado soportado por el análisis factorial de correspondencia. En conclusión, se evidencia una alta diversidad genética en las poblaciones estudiadas por raza e individuos, con una moderada diferenciación de ovinos Asblack con respecto a sus razas progenitoras.
Diversidad y estructuración genética de alpacas de color de la región Puno (Perú)
(Instituto Nacional de Innovación Agraria - INIA, 2012) Vallejo Trujillo, Adriana; Yalta Macedo, Claudia Esther; Veli Rivera, Eudosio A.; Cerna, D.
La fibra de alpaca (Vicugna pacos) constituye una de las principales fuentes de ingresos económicos en los Andes del Perú, especialmente en la Región de Puno en donde se concentra la mayor población. Actualmente la demanda de animales de fibra fina blanca se ha incrementado a diferencia de la fibra de colores naturales, generando el blanqueamiento de los rebaños y la disminución de animales de color. Reportes recientes indican una mayor rusticidad a diferencia de las alpacas blancas, lo que las convierte en un recurso genético importante como fuente de variación y reservorio de genes para futuros programas de mejoramiento y desarrollo de estrategias para afrontar el cambio climático. La presente investigación, analizó la diversidad genética y estructuración poblacional de alpacas de color en la región Puno y su ámbito en la región de Cusco, con el fin de generar información útil para el desarrollo de estrategias de conservación y manejo.
Explorando la diversidad genómica de cuyes nativos peruanos (Cavia porcellus) de zonas altoandinas, una visión para la conservación de recursos zoogenéticos del Perú
(Instituto Nacional de Innovación Agraria, 2022) Yalta Macedo, Claudia Esther
El objetivo principal del proyecto fue la determinación de la diversidad y estructura genética mediante el estudio de los polimorfismos de nuclétido simple (SNPs, del inglés Single nucleotide polymorphisms) e identificación de variantes genéticas relacionadas con la adaptación a diferentes pisos altitudinales utilizando tecnologías de secuenciamiento de nueva generación (NGS). Para ello, se tuvo como objetivos específicos: Seleccionar muestras y extraer ADN genómico de cuyes nativos, Genotipar por secuenciamiento de nueva generación (GBS), Analizar la dinámica poblacional a partir de los datos de genotipado e Identificar SNPs en relación al piso altitudinal y el hábitat al que pertenecen.
Genetic Diversity and Population Structure of Llamas (Lama glama) from the Camelid Germplasm Bank - Quimsachata
(MPDI, 2020-05-12) Paredes Rojas, Gabriela Fabiola; Yalta Macedo, Claudia Esther; Gutiérrez, Gustavo A.; Veli Rivera, Eudosio Amancio
Llamas (Lama glama) are invaluable resources of Peru. Despite their importance, their population is decreasing. The Camelid Germplasm Bank-Quimsachata was created as a guardian of this South American camelid (SAC) species and established a bank of llamas from their two types, Ch’aku and Q’ara. However, these populations need to present high genetic diversity to be considered suitable conservation stocks. Thus, in the present study, 13 microsatellites specific for the SAC were used to assess the current genetic variability and differentiation of the llama population from the Bank. The global population showed high genetic diversity with a total of 157 different alleles, with an average of 12.08 alleles per microsatellite, an expected and observed heterozygosity of 0.758 and 0.707, respectively, and an average polymorphic information content (PIC) of 0.723. Although considered as two different breeds and managed separately, the genetic differentiation between Ch’aku and Q’ara was low (FST = 0.01). Accordingly, the gene flow value was high (Nm = 30.5). Overall, our results indicate the existence of high genetic variation among individuals, and thus, this llama population could be considered a suitable genetic stock for their conservation and for sustainability programs. Additionally, the 13 microsatellites can be used to study other Peruvian llama populations and monitor the genetic variability of llamas from the Camelid Germplasm Bank—Quimsachata
Genotyping-by-sequencing reveals a high number and quality of single nucleotide polymorphisms in guinea pigs (Cavia porcellus) from the Peruvian Andes
(John Wiley & Sons Inc., 2023-10-05) Borja Lozano, María Victoria; Vigil Santillán, Bianca Estefani; More Montoya, Manuel J.; Morón Barraza, Jonathan A.; García Serquén, Aura Liz; Gutiérrez Reynoso, Gustavo; Yalta Macedo, Claudia Esther
Guinea pigs are a major source of animal protein for Peruvian Andean families. Despite the economic and cultural relevance of guinea pigs, their genomic characterization has been scarcely addressed. Genotyping-by-sequencing (GBS) has emerged as an affordable alternative to genotyping of livestock and native animals. Here, we report the use of GBS for single nucleotide polymorphism (SNP) discovery of traditionally raised guinea pigs from six regions of the Peruvian Andes and one group of breeding animals. The paired-end (2 × 150 bp) sequencing of 40 guinea pig DNA samples generated a mean of 6.4 million high-quality sequencing reads per sample. We obtained an average sequencing depth of 10× with an 88.5% mapping rate to the Cavia porcellus reference genome. A total of 279 965 SNPs (102 SNPs/Mbp) were identified after variant calling and quality filtering. Based on this SNP set, we assessed the genetic diversity and distance within our selected guinea pig populations. An overall average minor allele frequency of 0.13, an observed heterozygosity of 0.31, an expected heterozygosity of 0.35, and an F-value of 0.1 were obtained, while the SNP-based neighbor-joining tree suggests a closer genetic relationship between individuals from geographically close locations. We showed that GBS is a cost-effective tool for SNP discovery and genetic characterization of Peruvian guinea pig populations. Therefore, it may be considered as a suitable and affordable tool for genomic characterization of poorly studied native animal species.
Paternal ancestry of Peruvian creole cattle inferred from Y-chromosome analysis
(El Sevier, 2020-12-15) Yalta Macedo, Claudia Esther; Veli Rivera, Eudosio Amancio; Díaz Ortiz, Gerardo Ramón; Vallejo Trujillo, Adriana
The aim of this study was the identification of the genetic diversity and paternal origin of Peruvian creole cattle. A panel of 7 Y-chromosome specific markers (INRA189, UMN0103, BM861, UMN307, BYM-1, DDX3Y_1STR and ZFY10) were analyzed in 229 cattle from 6 regions of the Peruvian highlands. The creole cattle exhibited low genetic diversity (H= 0.50) mostly explained by within-population variation (98%) and absence of population structure (FST = 0.019) in the analyzed regions. These results are in concordance to other studies in Spanish cattle populations. The overall frequency and distribution of the major B. taurus haplogroups: Y1 (19%) and Y2 (81%), suggests that Peruvian creole cattle derived from the Iberian Peninsula cattle. Furthermore, our results some degree of male-mediated African cattle influence in the Peruvian creoles, supporting the findings of other studies in South American creole cattle populations. Altogether, our results revealed unique genetic characteristics of Peruvian creole cattle that may have important implications for future conservation programs.
Transferibilidad de marcadores microsatélites de Anas platyrhynchos al pato criollo peruano Cairina moschata domestica
(Universidad Nacional Mayor de San Marcos, 2020-05-25) Acuña, Wendy; Yalta Macedo, Claudia Esther; Veli Rivera, Eudosio A.
El pato criollo peruano (Cairina moschata domestica) es una de las especies de mayor importancia económica en la alimentación humana. Las especies de patos forman grupos genéticos complejos y difíciles de reconocer, por lo que el uso marcadores microsatélites (SSR) identificados en una especie relacionada como Anas platyrhynchos, representa una opción atractiva, de menor costo y útil para resolver temas relacionados con la conservación de la diversidad genómica, flujo génico e hibridación entre poblaciones. El objetivo de la investigación fue evaluar la transferibilidad de 24 SSR identificados para A. platyrhynchos a las poblaciones peruanas de C. moschata doméstica y determinar el grado de polimorfismo (PIC) de los marcadores transferibles. Para ello, se obtuvo ADN a partir de plumas alares usando el método cloroformo-alcohol isoamílico. Los SSR se construyeron con una secuencia adicional de 19 pb (cola M13) y se utilizaron fluoróforos 6-FAM, VIC, NED y PET para su etiquetado. Los fragmentos amplificados fueron visualizados en geles de agarosa 2% y separados por electroforesis capilar en un secuenciador automático ABI 3130XL. Los resultados mostraron 7 SSRs con un valor PIC alto (PIC>0.5) y que el marcador CMO211 se expresaba con un tamaño molecular menor del de la referencia. En conclusión, el presente trabajo demostró que el 75% de los SSR diseñados para A. platyrhynchos son transferibles a C. moschata domestica; y que sólo 7 fueron altamente informativos. Demostrando así que los SSRs son útiles en la detección de polimorfismos en especies relacionadas y pueden ser usados para mejorar las poblaciones peruanas de patos criollos.
Variabilidad genética y detección de error en filiación utilizando microsatélites en dos rebaños de alpacas Huacaya (Vicugna pacos)
(Universidad Peruana Cayetano Heredia, 2015-02-16) Yalta Macedo, Claudia Esther; Sotil, Giovanna; Veli Rivera, Eudosio A.
Objetivo: Determinar la variabilidad genética y evaluar la utilidad de microsatélites (STR) en la determinación de paternidad en alpacas blancas huacaya, pertenecientes al Centro Piloto de Mejoramiento Genético Munay Paqocha y el Fundo Itita, de la Sociedad Peruana de Criadores de Alpacas y Llamas (SPAR) Puno. Realizar la genotipificación y selección de marcadores STR útiles para la asignación de paternidad y parentesco. Metodología: Se evaluaron 10 marcadores STR a partir de ADN aislado de sangre y de folículos pilosos de 183 individuos colectados al azar procedentes de dos rebaños. Resultados y Conclusiones: Se observó un alto nivel de variabilidad alélica en el total de individuos analizados, y la presencia de alelos exclusivos entre poblaciones, con frecuencias menores al 1,5% en los loci LCA37, LCA90, LCA5, VOLP92, YWLL36, YWLL44 y YWLL08. Se propone la incorporación de tres marcadores adicionales, VOLP92, LCA94 y LCA90 para los análisis de variabilidad genética en alpacas. Los valores de FIS (0,016), y FST (0,003) reflejaron bajo niveles de endogamia. El rebaño del Fundo Itita presentó una mayor Ho (0,858) respecto a la He (0,848), mientras que por el contrario el rebaño del Centro Munay Paqocha presentó un menor valor de la Ho (0,815) respecto a la He (0,848), con una tendencia al déficit de heterocigotos. Los 10 marcadores presentaron una probabilidad de exclusión de parentesco adecuada, con un valor superior al 99,9%, cuando se conoce el genotipo de ambos padres, y un poder de discriminación mayor a 0,90. Además, se alcanzó un valor PEC de 0,999 considerando solo los marcadores YWLL08, YWLL44, LCA37, YWLL36, LCA8; siendo YWLL08 el de mayor valor (0,885). La prueba de filiación permitió detectar mayores errores de asignación de maternidad (13,04%) y paternidad (30,4%) en el rebaño del Fundo Itita, en comparación a Munay Paqocha con errores de designación de maternidad de 7,69% y de paternidad de 17,95%, concluyendo que este centro posee un mejor registro de empadres.