Examinando por Autor "Serna Chumbes, Manuel Fernando"

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Análisis de diversidad genética de palma aceitera (Elaeis guineensis y Elaeis oleífera) en la región Ucayali usando marcadores microsatélitales
(INIA. Estación Experimental Agraria Pucallpa - Ucayali, 2018-09) Camacho Villalobos, Alina Alexandra; Serna Chumbes, Manuel Fernando; Flores Guillén, Héctor Hernán
En el presente estudio se analizó la diversidad genética de 83 individuos con 12 marcadores SSR, encontrándose 160 alelos en total, siendo los cebadores mEgCIR0353 y el mEgCIR0254 los que obtuvieron una mayor cantidad de alelos, 22 y 20 respectivamente.
Análisis del genoma del cloroplasto del maíz morado INIA 601 para reconstruir la historia evolutiva del maíz morado peruano
(Universidad Nacional Agraria La Molina, 2019-10) Rodríguez Pérez, Lila M.; Montenegro, Juan D.; Simon, Reinhard; Chumbe Nolasco, Lenin; Serna Chumbes, Manuel Fernando; Delgado, Gabriel; García Serquén, Aura Liz; Gutiérrez Reynoso, Dina Lida
En el presente estudio, se ha reconstruido la secuencia completa del genoma plastidial del maíz morado peruano y se ha comparado con otros genomas plastidiales de maíces. El genoma plastidial tiene una longitud de 140,458 pb y muestra una estructura típica del genoma del cloroplasto: un par de regiones repetidas invertidas (IRa e IRb) de 22,594 pb, una región Larga de Copia Única (LSC) de 82,472 pb, y una región Corta de Copia Única (SSC) de 12,798 pb. Las relaciones filogenéticas fueron obtenidas a partir de alineamientos genómicos completos con los genomas plastidiales de otros miembros del género Zea. Los resultados indicaron que el maíz morado peruano está más relacionado a Z. mays subsp. huehuetenangensis. Es posible que eventos de hibridación introgresiva a lo largo de la evolución del maíz morado hayan jugado un papel en la adquisición del fenotipo morado en el clado Z. mays.
Draft Genome Sequence of Bacillus thuringiensis Strain UNMSM10RA, Isolated from Potato Crop Soil in Peru
(American Society for Microbiology, 2020-01-09) Delgado Silva, Yolanda Bedsabé; Tarazona, David; Serna Chumbes, Manuel Fernando; Juscamayta, Eduardo; Chávez Galarza, Julio César; Farfán Vignolo, Evelyn Roxana; Delgado, Gabriel; Flores, Abad; Solano, Gabriela; Gutiérrez Reynoso, Dina Lida
The 5.5-Mb genome sequence of Bacillus thuringiensis strain UNMSM10RA, isolated from potato crop soil, is reported in this study. The strain UNMSM10RA contains 5,347 protein-coding sequences, 105 tRNA genes, 15 rRNA genes, and 5 noncoding RNA (ncRNA) genes, with an average G+C content of 35.1%. Within protein-coding genes, 31 were detected and identified in the metabolism of heavy metals such as arsenic, cadmium, and copper. Further analyses will be performed and provide more information for understanding the evolution of these Bacillus thuringiensis strains and their potential uses.
Identificación de genes relacionados con la tolerancia a la sequía en 41 variedades de quinua (Chenopodium quinoa Willd)
(Universidad Nacional de Trujillo, 2020-02-16) Serna Chumbes, Manuel Fernando; Montenegro Cabrera, Juan Daniel; Cruz Hilacondo, Wilbert Eddy; Koc Sánchez, Gabriela Elena
El objetivo de la investigación fue identificar los genes relacionados con la tolerancia a la sequía en la quinua. Para ello, se evaluaron 41 variedades de Chenopodium quinoa Willd con seis repeticiones; en la etapa de floración, se seleccionaron al azar tres macetas/material, de cada variedad, para ser inducidas a sequía total por dos semanas, reanudándose el riego después de ese periodo, las otras tres fueron el control. A partir del día 27 después de la siembra, se midió el nivel de clorofila y se clasificó como tolerante o susceptible a la sequía, en función de su índice de contenido clorofila (ICC). Para la identificación de genes se tomaron muestras de hoja de tres variedades (Red head, Salcedo INIA y Kankolla 1). La Extracción del ARN se realizó usando el reactivo reagent® TRI y para el secuenciamiento de transcriptomas se utilizó la plataforma de Ilumina. Se identificaron 26 genes en las tres variedades de quinua, pero en las variedades tolerantes a la sequía; tres de ellos son regulados al alza ante la exposición a la sequía y cinco genes (AUR62037809, AUR62000271, AUR62037807, AUR62042825 AUR62009791) tienen un cambio en su patrón de expresión como consecuencia de la exposición a la sequía.
Manual de procedimientos para estudios de transcriptomas en quinua
(Instituto Nacional de Innovación Agraria, 2020-02-04) Serna Chumbes, Manuel Fernando
En los últimos años la producción de quinua peruana ha sido sostenida, pero los cambios climáticos que se vienen presentando y que se acrecentarán en un futuro, presenta la necesidad del desarrollo de nuevas variedades adaptadas a los nuevos escenarios climáticos. Gracias al avance de la genética y las últimas tecnologías de secuenciamiento ahora es posible secuenciar genomas en un corto tiempo, permitiendo conocer los patrones genéticos de una especie determinada e identificar los genes que se expresan o activan frente a una determinada respuesta. Se formuló el proyecto 117_PI, cuyas actividades desarrolladas permitieron generar protocolos y validar metodologías, los cuales son plasmados en esta publicación como una guía para estudios similares de transcriptómica en plantas.
Morphological and molecular characterization of an Elaeis oleifera (H.B.K) Cortes germplasm collection located in Ucayali, Peru
(Public Library of Science, 2021-05-06) Camacho Villalobos, Alina Alexandra; Serna Chumbes, Manuel Fernando; Flores Jaramillo, Jhoffre David; Flores, Hector; Manrique, Paulo; Bendezu, Jorge
The African oil palm (Elaeis guineensis Jacq) is a crop that is widely distributed in tropical regions around the world; however, this crop is subject to limitations such as rapid trunk growth and susceptibility to bud rot and red ring diseases particularly in South America. To overcome these limitations, national breeding and conservation programs have been established, and there is a need to identify parental palms from natural populations of the American oil palm (E. oleifera H.B.K. Cortes) with desirable yield and morphological traits (i.e., yield production and bunch number) and with high genetic diversity. However, in Peru the morphological and genetic data related to this important crop is limited. In this study, we characterized the morphological and yield and estimated the genetic diversity using 12 neutral microsatellite markers (simple sequence repeats, SSRs) across 72 oil palm individuals belonging to the E. oleifera germplasm collection located in the tropical region of Ucayali, Peru. Our results showed that morphological and yield traits explained approximately 40.39% of the variability within the Peruvian germplasm. Furthermore, Yield Production was highly correlated with two yield traits: Bunch Number (0.67) and Average weight per bunch (0.78). Based on the yield and morphological traits, a clustering analysis was performed and three phenotypic groups were identified (1, 2 and 3) in which groups 1 and 3 showed high scores associated primarily with yield traits. Microsatellite markers revealed 143 alleles, 11.92 ± 4.72 alleles per locus (A) and an expected heterozygosity (He) of 0.69 ± 0.045. A structural analysis identified three populations (k = 3), that were not related to the phenotypic groups. Interestingly, a multiple allele background was identified within the groups using multilocus and phylogenetic relationship analyses. This is the first Peruvian report regarding E. oleifera that shows preliminary data of the morphological and yield traits and genetic data, and highlight the importance of this information to set up future steps to national breeding strategies and improve the conservation of genetic material of E. oleifera. Overall, these novel findings could contribute to the development of the local oil palm industry in Peru.
Primera identificación molecular del transgen de la proteína fluorescente roja (RFP) en peces Cebra (Danio rerio) transgénicos ornamentales introducidos en el Perú
(Universidad Nacional de Trujillo. Facultad de Ciencias Agropecuarias, 2013-10-09) Scotto Espinoza, Carlos Jesús; Serna Chumbes, Manuel Fernando
[ES] En el presente trabajo se identificó por primera vez peces Cebra transgénicos (Danio rerio) fluorescentes de color rojo, naranja y rosado introducidos al territorio peruano de acuarios locales utilizando la técnica de PCR para amplificar el transgen RFP perteneciente a la anémona marina Discosoma spp. Se encontró una expresión génica diferencial del transgen de la proteína fluorescente roja (RFP) que determinaría una gradiente de bioluminiscencia para cada color entre los peces OVM analizados. Se realizó un análisis de secuencias de las dos variantes de la RFP junto con las seis variantes de la GFP de proteínas fluorescentes existentes en el Genbank que podrían ayudar a identificar rápidamente si son nuevos genes o si son nuevas variantes de éstas proteínas fluorescentes y que podrían ser utilizadas en otros OVMs hidrobiológicos a futuro. De este modo, desarrollar y optimizar las medidas de bioseguridad mediante su oportuna detección a nivel genético molecular.--- [EN] In this paper the transgenic fluorescent red, orange and pink zebra fish (Danio rerio), found in local aquariums in Peru, were identified using the PCR technique to amplify the transgene RFP sea anemone belonging to Discosoma spp. The gene expression of the red fluorescent protein (RFP) transgene was found to determine different gradients-of-bioluminescence (shades in color) in each GMO fish analyzed. We performed sequence analysis of the two variants of the RFP along with six variants of the existing fluorescent protein GFP from the Genbank, this could help identify quickly if they are new genes or variants thereof as these novel fluorescent proteins may be introduced in aquatic GMO in the future. Thus, developing and improving biosecurity measures through its timely detection at the molecular genetic level.