Data Descriptor
Not peer-reviewed version
Draft Genome Sequence and SSR Data
Mining of “Pumpo” (Bos taurus), a Top
Bull From a Peruvian Genetic Nucleus
Richard Estrada , Yolanda Romero , Deyanira Figueroa , Carlos Quilcate , David Casanova ,
*
Hector V. Vasquez , Wigoberto Alvarado , Jorge L. Maicelo , Carlos I. Arbizu 
Posted Date: 18 June 2024
doi: 10.20944/preprints202406.1085.v1
Keywords: Draft-Genome; Pumpo; BUSCO; Genome Assembly; SSR Analysis
Preprints.org is a free multidiscipline platform providing preprint service that
is dedicated to making early versions of research outputs permanently
available and citable. Preprints posted at Preprints.org appear in Web of
Science, Crossref, Google Scholar, Scilit, Europe PMC.
Copyright: This is an open access article distributed under the Creative Commons
Attribution License which permits unrestricted use, distribution, and reproduction in any
medium, provided the original work is properly cited.
Preprints.org (www.preprints.org)  |  NOT PEER-REVIEWED  |  Posted: 18 June 2024                   doi:10.20944/preprints202406.1085.v1
Disclaimer/Publisher’s Note: The statements, opinions, and data contained in all publications are solely those of the individual author(s) and 
contributor(s) and not of MDPI and/or the editor(s). MDPI and/or the editor(s) disclaim responsibility for any injury to people or property resulting 
from any ideas, methods, instructions, or products referred to in the content.
Data Descriptor 
Draft Genome Sequence and SSR Data Mining of 
“Pumpo” (Bos taurus), a Top Bull from a Peruvian 
Genetic Nucleus 
Richard Estrada 1, Yolanda Romero 1 , Deyanira Figueroa 1, Carlos Quilcate 1, David Casanova 1, 
Hector V. Vasquez 2, Wigoberto Alvarado 2, Jorge L. Maicelo 3 and Carlos Arbizu 3,* 
1  Dirección de Desarrollo Tecnológico Agrario, Instituto Nacional de Innovación Agraria (INIA), Lima 
15024, Peru; richard.estrada.bioinfo@gmail.com (R.E.) , yolanda.bioinfo@gmail.com (Y.R.), 
deyanirafigueroa66@gmail.com (D.F.),, promegnacional@inia.gob.pe (C.Q.), dcasanova@inia.gob.pe (D.C.) 
2  Facultad de Ingeniería Zootecnista, Agronegocios y Biotecnología, Universidad Nacional Toribio 
Rodríguez de Mendoza de Amazonas, Chachapoyas, Chachapoyas 01001, Perú; hvasquez@untrm.edu.pe 
(H.V.), wigoberto.alvarado@untrm.edu.pe (W.A.); jmaicelo@untrm.edu.pe (J.L.M.) 
3  Facultad de Ingeniería y Ciencias Agrarias, Universidad Nacional Toribio Rodríguez de Mendoza de 
Amazonas (UNTRM), Cl. Higos Urco 342, Amazonas 01001, Peru 
*  Correspondence: c.arbizu@untrm.edu.pe (C.I.A)   
Abstract: Pumpo  is a Simmental breed and an essential livestock resource  in the nucleus genetic 
cattle of Peru. This study provides a draft genome sequence of a top bull using a de novo assembly 
approach on the Illumina Novaseq X platform, yielding 208 GB of raw sequencing data with 150 bp 
paired‐end reads. The final genome assembly resulted in a size of 2.06 Gb with an N50 contig length 
of 108 Mb and a completeness of 95.7% according  to BUSCO analysis. A  total of 973,925 simple 
sequence  repeats  (SSRs) were  identified, with  a  predominance  of mononucleotide  repeats. The 
genome  showed  low heterozygosity  (0.568%) and moderate  repeatability  (11.5%), aligning with 
other  Bos  taurus  genomes.  Reference‐guided  scaffolding  improved  the  assembly  quality 
significantly, producing an N50 scaffold value of 108 Mb. The SSR analysis of the Pumpo genome 
identified 973,925 SSRs with a frequency of 2,808 SSRs per kilobase, predominantly mononucleotide 
repeats,  and  85,453  found  in  compound  formations. Obtaining  knowledge  of  the  genome  of  a 
breeding Simmental bull is essential to optimize breeding programs and improve productivity. 
Dataset: The  associated Bioproject; Biosample;  and  Sequence Read Archive  (SRA) numbers  are 
PRJNA1097623; SAMN40874274; and SRR29269954; respectively 
Dataset License: CC0 
Keywords: draft‐genome; Pumpo; BUSCO; genome assembly; SSR analysis 
 
1. Summary   
Recent initiatives have brought to light the significance of exploring genetic variation in bovine 
populations through the lens of pangenomics [1]. The journey began with the landmark sequencing 
of the Bos taurus genome in 2004, originating from a Hereford individual, laying the foundation for 
subsequent advancements. Notably, the latest update to this genome, ARS‐UCD1.2, showcases the 
use of continuous  long‐reading sequencing  technology  from Pacific Biosciences, underscoring  the 
evolving methodologies driving genomic research forward [2]. In 2021, Heaton et al. [3] presented a 
reference  genome  for  Fleckvieh‐type  Simmental  cattle,  however,  they  indicated  that  having  an 
individual reference genome is insufficient to completely capture the range of genetic diversity seen 
within a species. Additionally, the spread of several Simmental genotypes with origins worldwide 
 
©  2024 by the author(s). Distributed under a Creative Commons CC BY license.
Preprints.org (www.preprints.org)  |  NOT PEER-REVIEWED  |  Posted: 18 June 2024                   doi:10.20944/preprints202406.1085.v1
  2 
makes it challenging to establish the breed’s global standard, although there is no risk of this breed’s 
gene pool becoming smaller, according to reports [4]. 
Fleckvieh‐Simmental breed, because of  its high growth  rate, milk yield, milk  fat and protein 
ratio, docility, and adaptability is preferred worldwide in pure and crossbreeding [4]. In Peru, the 
first individuals arrived in 1970, due to an agreement of the Peru‐Germany International Technical 
Cooperation, additionally, to their previously mentioned characteristics, it has an excellent aptitude 
for grazing, which is why their breeding has been growing steadily in different parts of the country 
[5]. In 2020, the National Institute of Agrarian Innovation (INIA for its acronym in Spanish) of the 
Ministry  of  Agrarian  Development  and  Irrigation  (MIDAGRI)  of  the  Peruvian  Government 
established 10 genetic nuclei across various geographical departments, resulting in the production of 
4000 embryos and 710,000 high‐quality semen straws of breeds such as Simmental [6] and as per the 
2022 National Agricultural Survey, approximately 238,125 cattle farmers in Peru were using high‐
quality purebred or  improved breeds  in  their herds, mostly because Peruvian cattle population  is 
mainly conformed by creole cattle (64.03%) [7]. 
“Pumpo”, is a Fleckvieh‐Simmental sire located at the Central Genetic Nucleus of INIA, with 
more  than 300 offspring,  its semen straws and embryos are highly requested  for animal breeders 
across the country because of their high genetic value (C. Quilcate, pers. comm, May 2024) , also the 
influence of production traits on fertility can fluctuate widely across herds, breeds, and individuals, 
but dual‐purpose breeds like the Simmental exhibits less susceptibility to herd‐level factors compared 
to dairy breeds such as Holstein‐Friesians or Brown Swiss [8,9], facilitating the production of high‐
quality semen. 
We present a draft genome sequence and SSR data mining from a Fleckvieh‐Simmental sire (B. 
taurus), using  two algorithms  improved  through  reference‐guided  scaffolding and MISA  for SSR 
Mining.  Assembly  and  SSR  data  analysis  of  a  cattle  genetic  material  donor  provides  valuable 
information, which is useful for both scientific research and livestock population management. The 
inception of such endeavors marks a pivotal moment in understanding the intricate genetic landscape 
of cattle, with implications ranging from breeding programs to agricultural sustainability. 
2. Data Description   
The total number of raw pair reads was 888,585,052 sequences, with an average length of 150 bp, 
a GC content of 41.87%, and a total sequencing data output of 208 GB. After the trimming, we retained 
86.17% of  sequencing data,  and more  than  765,713,810 million high‐quality  sequence  reads with 
approximately 182.9 GB of total sequencing data were generated. In addition, the average quality per 
read was 38. 
2.1. Genome Size and K‐mer Analysis 
The  analysis  revealed  low  heterozygosity  (0.568%),  moderate  repeatability  (11.5%),  and  a 
genome  size  estimate  of  2.06  Gb  (Figure  1),  which  aligns  closely  with  other  Bos  taurus  (ARS‐
LIC_NZ_Jersey:  2.64  Gb,  ARS‐LIC_NZ_Holstein‐Friesian_1:  2.66  Gb,  ARS‐UCD1.3:  2.71  Gb, 
Btau_5.0.1:  2.72  Gb,  and  Brown  Swiss:  2.66  Gb).  Specifically,  the  genome  repeat  length  ranged 
between 237.8 and 238.2 million base pairs, and the single genome length spanned between 1.82 and 
1.82 billion base pairs. The model  fit was high, between 96.34% and 97.89%  (Table. 1),  indicating 
robust and accurate genome assembly. 
 
Preprints.org (www.preprints.org)  |  NOT PEER-REVIEWED  |  Posted: 18 June 2024                   doi:10.20944/preprints202406.1085.v1
  3 
 
Figure 1. Distribution of k‐mers in the draft genome of Pumpo cattle. 
Table 1. Summary of GenomeScope analysis. 
Property  Min.  Max. 
Heterozygosity  0.56%  0.57% 
Genome haploid length  2,056,357,349 bp  2,060,144,712 bp 
Genome repeat length  237,799,733 bp  238,237,708 bp 
Genome unique length  1,818,557,616 bp  1,821,907,004 bp 
Model fit  96.34%  97.89% 
Read error rate  0.32%  0.32% 
2.2. Assembly De Novo, Reference‐Assisted Scaffolding and Validation 
The scaffolding approach significantly improved the quality of the genome assembly. The N50 
value increased from 8,350 bp in contigs to 108,009,562 bp in scaffolds, demonstrating a substantial 
improvement  in assembly  continuity. The MaSuRCA assembly was enhanced  through  reference‐
guided scaffolding, achieving a total length of 2.74 Gb. This assembly included 14,156 contigs (≥1000 
bp) with a GC content of 41.87%. The longest contig reached 163,170,176 bp. BUSCO (Benchmarking 
Universal Single‐Copy Orthologs) analysis for the structured genome assembly reveals a total of 8,831 
complete BUSCOs,  indicating a high  level of completeness. Among  these, 8,688 are complete and 
single‐copy  BUSCOs.  Additionally,  there  are  143  complete  and  duplicate  BUSCOs,  indicating 
 
Preprints.org (www.preprints.org)  |  NOT PEER-REVIEWED  |  Posted: 18 June 2024                   doi:10.20944/preprints202406.1085.v1
  4 
potential regions of genome duplication. The analysis also identified 194 fragmented BUSCOs and 
201 missing BUSCOs. 
Comparing  the  initial  contig  assembly  to  the  scaffold  assembly  highlights  substantial 
improvements  in  the genomic assembly.  In  the  initial contig assembly,  there were 4,025 complete 
BUSCOs (43.6%), including 3,921 complete and single‐copy BUSCOs (42.5%) and 104 complete and 
duplicated BUSCOs (1.1%). Additionally, the contig assembly had 2,058 fragmented BUSCOs (22.3%) 
and  3,143  missing  BUSCOs  (34.1%).  In  contrast,  the  scaffold  assembly  showed  significant 
enhancement,  with  8,831  complete  BUSCOs  (95.7%),  including  8,688  complete  and  single‐copy 
BUSCOs  (94.2%)  and  143  complete  and  duplicated  BUSCOs  (1.5%).  The  scaffold  assembly  also 
exhibited fewer fragmented and missing BUSCOs, with 194 (2.1%) and 201 (2.2%), respectively. 
Table 2. Statistics of the completeness of the de novo assembly of the Pumpo cattle genome. 
Statistic  Contigs  Scaffolds 
N50  8,350  108,009,562 
N90  2,324  52,732,619 
L50  86,076  11 
L90  307,212  26 
Largest contig  108,709  163,170,176 
Total length  2,582,951,014  2,735,224,841 
GC (%)  41.9  41.87 
# contigs (≥1000 bp)  419,259  14,156 
# contigs (≥5000 bp)  172,406  1,754 
# contigs (≥10,000 bp)  63,792  623 
# contigs (≥25,000 bp)  7,999  161 
# contigs (≥50,000 bp)  432  68 
# N’s per 100 kbp  0  4820.63 
Table 3. Summary of the BUSCO approach in the Pumpo assembly (contigs and scaffolds). 
Terms  Contigs  Scaffold 
Complete BUSCOs  4,025 (43.6%)  8,831 (95.7%)   
Complete and single‐copy BUSCOs  3,921 (42.5%)  8,688 (94.2%) 
Complete and duplicated BUSCOs  104 (1.1%)  143 (1.5%) 
Fragmented BUSCOs  2,058 (22.3%)    194 (2.1%) 
Missing BUSCOs  3,143 (34.1%)  201 (2.2%) 
2.3. SSR Data Mining 
Simple sequence repeat (SSR) analysis revealed a heterogeneous distribution based on repeat 
unit size (Figure 2). Most SSRs were mononucleotide in size, with a total of 578,874 sequences, making 
it the most abundant. After this, the dinucleotide SSRs represented 250,768 sequences. Trinucleotide 
SSRs were less frequent, with 118,909 sequences. There was a significant reduction in the abundance 
of  tetranucleotide and pentanucleotide unit sizes, with 11,348 and 13,704  sequences,  respectively. 
Finally, hexanucleotide SSRs were the least common, with only 322 sequences. The summary of SSR 
 
Preprints.org (www.preprints.org)  |  NOT PEER-REVIEWED  |  Posted: 18 June 2024                   doi:10.20944/preprints202406.1085.v1
  5 
in the Pumpo genome revealed a total of 973,925 identified SSRs, with a frequency of 2,808 SSRs per 
kilobase. Additionally, 85,453 SSRs were found in compound formations (Table 4). 
 
Figure 2. Distribution of SSR in the draft genome of Pumpo. 
Table 4. Summary of the SSR in the Pumpo genome. 
Type  Pumpo 
Total number of identified SSRs  973,925 
Frequency (SSR/Kb)  2,808 
Number of SSRs present in compound formation  85,453 
3. Methods 
3.1. Sample Collection and DNA Extraction 
A healthy Simmental–Fleckvieh bull  (Peruvian National Register Number 135, born  in 2016) 
from the Central Genetic Nucleus of INIA,  located at the Donoso Agricultural Experiment Station 
(EEA Donoso in Spanish) in Huaral, Lima (128 masl; 11°31′18″ S and 77°14′06″ W), was the focus of 
this study. This government facility houses a genetic nucleus herd. The blood sample was collected 
from the bull’s tail using vacutainers with EDTA as an anticoagulant and immediately transported 
to the laboratory for DNA extraction. Pumpo, the bull, has produced 30,382 semen straws from May 
2021 to the present, as recorded in data logs. This research complied with Peruvian National Law No. 
30407: “Animal Protection and Welfare”. Following the manufacturer’s protocols, genomic DNA was 
extracted  using  the Wizard Genomic DNA  Purification Kit  (Fitchburg, WI, USA). The  extracted 
DNA’s  integrity was verified via agarose gel electrophoresis, and  its concentration was measured 
using a Qubit 2.0 Fluorometer (ThermoFisher Scientific, Waltham, MA, USA). 
3.2. DNA Sequencing and Estimation of Genome Size 
A 300 bp insert size library was constructed for paired‐end DNA sequencing on the Illumina 
Novaseq X platform by GENEWIZ  (South Plainfield, NJ, USA), yielding approximately 2x150 bp 
reads. To enhance the draft genome assembly, a reference‐scaffolding methodology was utilized, and 
 
Preprints.org (www.preprints.org)  |  NOT PEER-REVIEWED  |  Posted: 18 June 2024                   doi:10.20944/preprints202406.1085.v1
  6 
raw  reads  were  assessed  for  quality  using  FastQC  v.0.11.9  software.  Quality  control  measures, 
including trimming (Phred Q > 25) and adapter removal, were executed with Trimmomatic v.0.36 
[10] and TrimGalore [11], respectively. For the genomic survey,  Jellyfish v.2.0 [12] was employed. 
GenomeScope v.1.0.0  [13] was used  to estimate genomic parameters  such as genome  size,  repeat 
content, and heterozygosity rate, utilizing the output from Jellyfish. The k‐mer frequency distribution 
analysis revealed a common single‐peak pattern, with k‐depth calculations performed accordingly. 
3.3. De Novo Assembly and Validation 
For the de novo assembly, two distinct algorithms were employed: SOAPdenovo2 v.2.04 [14] 
and  MaSuRCA  v.4.0.6  [15].  These  assemblers  were  chosen  due  to  their  varied  methodological 
approaches, which allowed  for a comparative analysis to identify the most effective algorithm for 
this genome. SOAPdenovo2 is known for its rapid and efficient assembly of short reads into contigs, 
whereas MaSuRCA utilizes a hybrid strategy to produce longer contigs and scaffolds, particularly in 
complex genomic regions. Subsequently, QUAST v.5.2.0 [16] was used to generate assembly statistics. 
MaSuRCA produced superior assembly metrics and was further improved using Samba Scaffolder 
v.1.0 [17] for scaffolding and gap‐filling. Scaffolding based on the reference genome utilized the B. 
taurus genome  (GenBank: GCA_002263795.4). Additional QUAST analysis was performed on  the 
resulting scaffold output. 
Assembly validation was conducted using two distinct methods: (i) errors in the assembly were 
identified by remapping filtered paired‐end Illumina reads with Bowtie2 v.2.4.2 [18] and SamTools 
v.1.7 [19], and (ii) genome assembly completeness and gene space were evaluated using the BUSCO 
[20] strategy with a mammalian‐specific profile consisting of 4,104 single‐copy genes expected  in 
mammals. Mitochondrial DNA  sequences were  removed  following BLAST v.2.2.26  [21]  searches 
against  mitochondrial  sequence  databases.  Contaminated  scaffolds  and  vectors  were  ultimately 
discarded before submission to the NCBI database. 
3.4. SSR‐Mining 
For  the  extraction  and  identification  of  SSR,  MISA  (MIcroSAtellite;  http://pgrc.ipk‐
gatersleben.de/misa) was used. Monomer  (one nucleotide, n > 12), dimer (two nucleotides, n > 6), 
trimer (three nucleotides, n > 4) , tetramer (four nucleotides, n > 3), pentamer (five nucleotides, n > 3) 
and hexamer (six nucleotides, n > 3) motifs were searched in the sequences. 
Author  Contributions:  Conceptualization,  C.I.A.  and  W.A.;  methodology,  D.R.  R.E., D.F.,  Y.R.  and  W.A.; 
software, R.E.; validation, W.A. D.C., Y.R., and D.R.; formal analysis, C.Q. and J.M.;  investigation, R.E., D.F., 
Y.R.,  C.I.A., H.V.  and W.A.;  resources,  J.L.M.;  data  curation,  R.E., D.F.  and  C.I.A.; writing—original  draft 
preparation, R.E., D.F., Y.R., C.I.A. and C.Q.; writing—review and editing, R.E., D.F., Y.R., W.A. and C.I.A.; 
visualization, D.V., H.V. and C.Q.; supervision, D.C. and C.I.A.; project administration, C.Q. and D.C.; funding 
acquisition, J.L.M., H.V., C.I.A. and W.A. 
Funding: This research was funded by the following research project: “Mejoramiento de la disponibilidad de 
material genético de ganado bovino con alto valor a nivel nacional 7 departamentos” of the Ministry of Agrarian 
Development and Irrigation (MIDAGRI) of the Peruvian Government, with grant number CUI 2432072. 
Institutional Review Board Statement: The  study was  conducted according  to Peruvian National Law No. 
30407: “Animal Protection and Welfare”. 
Data Availability Statement: The associated Bioproject, Biosample, and Sequence Read Archive (SRA) numbers 
are PRJNA1097623, SAMN40874274, and SRR29269954, respectively. 
Acknowledgments: We acknowledge the  ‘PROMEG NACIONAL’ team for supporting  the  logistic activities. 
C.I.A. thanks Vicecerrectorado de Investigación of UNTRM. 
Conflicts of Interest: The authors declare no conflicts of interest. 
References 
1. Bickhart,  D.M.  The  Bovine  Pan‐Genome  Consortium.  Nick  Bickhart’s.  Available  online: 
https://njdbickhart.github.io/ (accessed on 5 June 2024). 
 
Preprints.org (www.preprints.org)  |  NOT PEER-REVIEWED  |  Posted: 18 June 2024                   doi:10.20944/preprints202406.1085.v1
  7 
2. Rosen, B.D.; Bickhart, D.M.; Schnabel, R.D.; Koren, S.; Elsik, C.G.; Tseng, E.; Rowan, T.N.; Low, W.Y.; Zimin, 
A.; Couldrey, C.; et al. De novo assembly of the cattle reference genome with single‐molecule sequencing. 
GigaScience 2020, 9, 1–9. 
3. Heaton, M.P.; Smith, T.P.L.; Bickhart, D.M.; Vander Ley, B.L.; Kuehn, L.A.; Oppenheimer, J.; Shafer, W.R.; 
Schuetze, F.T.; Stroud, B.; McClure,  J.C.; et al. A Reference Genome Assembly of Simmental Cattle, Bos 
taurus taurus. J. Hered. 2021, 112, 184–191. 
4. Koç, A.: A review on Simmental Raising: 1. Simmental raising  in  the World and  in Turkey, Adü Ziraat 
Derg., 2, 97–102, https://doi.org/10.25308/aduziraat.294127, 2016. 
5. AgroPerú.  Avanza  la  crianza  de  vacunos  Fleckvieh  Simmental.  Available  online: 
https://www.agroperu.pe/avanza‐la‐crianza‐de‐vacunos‐fleckvieh‐simmental/ (accessed on 5 June 2024). 
6. INIA. 2020. MINAGRI  invierte más de 5 millones para mejorar calidad genética de ganadería nacional. 
Available online: https://www.inia.gob.pe/2020‐nota‐089/ (accessed on 5 June 2024). 
7. Instituto Nacional de Estadística e  Informática  IV Censo Nacional Agropecuario 2012 Available online: 
http://censos.inei.gob.pe/Cenagro/redatam/# (accessed on 5 June 2024). 
8. Toledo‐Alvarado, H.; Cecchinato, A.; Bittante, G. Fertility traits of Holstein, Brown Swiss, Simmental, and 
Alpine Grey cows are differently affected by herd productivity and milk yield of individual cows. J. Dairy 
Sci. 2017, 100, 8220–8231. 
9. Windig, J.J.; Calus, M.P.L.; Veerkamp, R.F. Influence of herd environment on health and fertility and their 
relationship with milk production. J. Dairy Sci. 2005, 88, 335‐347. 
10. Bolger,  A.M.;  Lohse,  M.;  Usadel,  B.  Trimmomatic:  A  Flexible  Trimmer  for  Illumina  Sequence  Data. 
Bioinform. Oxf. Engl. 2014, 30, 2114–2120. 
11. Martin, M. Cutadapt Removes Adapter Sequences from High‐Throughput Sequencing Reads. EMBnet. J. 
2011, 17, 10–12. 
12. Marçais, G.; Kingsford, C. A Fast, Lock‐Free Approach for Efficient Parallel Counting of Occurrences of k‐
Mers. Bioinformatics 2011, 27, 764–770. 
13. Vurture, G.W.;  Sedlazeck,  F.J.; Nattestad, M.; Underwood, C.J.;  Fang, H.; Gurtowski,  J.;  Schatz, M.C. 
GenomeScope: Fast Reference‐Free Genome Profiling  from Short Reads. Bioinformatics 2017, 33, 2202–
2204. 
14. Luo, R.; Liu, B.; Xie, Y.; Li, Z.; Huang, W.; Yuan, J.; He, G.; Chen, Y.; Pan, Q.; Liu, Y.; et al. SOAPdenovo2: 
An Empirically  Improved Memory‐Efficient Short‐Read de Novo Assembler. Gigascience 2012, 1, 2047‐
217X‐1‐18. 
15. Zimin,  A.V.;  Marçais,  G.;  Puiu,  D.;  Roberts,  M.;  Salzberg,  S.L.;  Yorke,  J.A.  The  MaSuRCA  Genome 
Assembler. Bioinformatics 2013, 29, 2669–2677. 
16. Gurevich,  A.;  Saveliev,  V.;  Vyahhi,  N.;  Tesler,  G.  QUAST:  Quality  Assessment  Tool  for  Genome 
Assemblies. Bioinformatics 2013, 29, 1072–1075. 
17. Zimin, A.V.; Salzberg,  S.L. The SAMBA Tool Uses Long Reads  to  Improve  the Contiguity of Genome 
Assemblies. PLoS Comput. Biol. 2022, 18, e1009860. 
18. Langmead, B.; Salzberg, S.L. Fast Gapped‐Read Alignment with Bowtie 2. Nat. Methods 2012, 9, 357–359. 
19. Li, H.; Handsaker, B.; Wysoker, A.; Fennell, T.; Ruan, J.; Homer, N.; Marth, G.; Abecasis, G.; Durbin, R. The 
Sequence Alignment/Map Format and SAMtools. Bioinformatics 2009, 25, 2078–2079. 
20. Simão, F.A.; Waterhouse, R.M.; Ioannidis, P.; Kriventseva, E.V.; Zdobnov, E.M. BUSCO: Assessing Genome 
Assembly and Annotation Completeness with Single‐Copy Orthologs. Bioinformatics 2015, 31, 3210–3212. 
21. Altschul, S.F.; Gish, W.; Miller, W.; Myers, E.W.; Lipman, D.J. Basic Local Alignment Search Tool. J. Mol. 
Biol. 1990, 215, 403–410. 
Disclaimer/Publisher’s Note: The statements, opinions and data contained in all publications are solely those 
of the individual author(s) and contributor(s) and not of MDPI and/or the editor(s). MDPI and/or the editor(s) 
disclaim responsibility for any injury to people or property resulting from any ideas, methods, instructions or 
products referred to in the content.